不正咬合の原因の一般的要因の一つとして、遺伝が挙げられるが、メンデルがエンドウ豆を用いた遺伝の法則のように、遺伝が及ぼす、家系的な影響が、不正咬合の原因の一つとして考えられることが多い。
これは、近年、遺伝子研究が進み、多くの先天的疾患を出生前にある程度、検査で知ることができるようになってきたことからも、遺伝的影響が関わることが考えられている
不正咬合の原因ー先天異常（一般的要因）
不正咬合の原因の一般的要因の一つとして、先天異常が挙げられるが
- 唇裂および口蓋裂
- ダウン症
- クルーゾン症候群
- 鎖骨頭蓋異骨症
- 先天性梅毒
などが挙げられる。
不正咬合の原因ー環境（一般的要因）
不正咬合の原因の一般的要因の一つとして、環境が挙げられるが、妊娠中の薬物の摂取などが影響することがある。
不正咬合の原因ー代謝異常、内分泌異常（一般的要因）
不正咬合の原因の一般的要因の一つとして、代謝異常、内分泌異常が挙げられるが、下垂体などの成長ホルモンの分泌異常により、末端肥大や、下顎前突、前歯の前突、などがみられる。
不正咬合の原因ー栄養障害（一般的要因）
不正咬合の原因の一般的要因の一つとして、栄養障害が挙げられるが、ビタミンD欠乏のくる病や、ビタミンB1欠乏の脚気などが、あげられる。
不正咬合の原因ー歯数異常（局所的要因）
不正咬合の原因の一般的要因の一つとして、歯数異常が挙げられるが、先天的に、永久歯が欠損していたりする場合などが影響する。
不正咬合の原因ー歯の大きさ異常（局所的要因）
不正咬合の原因の局所的要因の一つとして、歯の大きさ異常が挙げられるが、顎の大きさに対し、歯の大きさが大きい場合、歯列不正を起こす原因の一つとなる、
不正咬合の原因ー歯の生え変わりの影響（局所的要因）
不正咬合の原因の局所的要因の一つとして、歯の生え変わりの影響が挙げられるが、
- 乳歯の早期喪失
- 乳歯の晩期残存
- 永久歯の早期喪失
などが挙げられる。
不正咬合の原因ー口腔内組織の異常（局所的要因）
不正咬合の原因の局所的要因の一つとして、口腔内組織の異常が挙げられるが、
- 小帯の位置異常（上唇小帯の低位付着により前歯の正中離開などがみられる）
- 舌の形態異常（巨舌症では、開口や歯列空隙、小舌症では叢生、乱杭歯などがみられる）
などが挙げられる。
不正咬合の原因ー不適切な歯科治療（局所的要因）
不正咬合の原因の局所的要因の一つとして、不適切な歯科治療が挙げられるが、
かみ合わせに悪影響のある被せ物や、詰め物や、乳歯の虫歯治療等による、永久歯の生え変わりの悪影響など。